In questi articoli descrivo il mio soggiorno a Stoccolma per sviluppare il mio lavoro di tesi magistrale sulla Biomeccanica Vascolare al dipartimento di Solid Mechanics al KTH Royal Institute of Technology. Racconto l’intero periodo in diversi articoli, il primo è stato su Settembre mentre in questo continueremo con Ottobre.
Settimana 4
È lunedì 26 Settembre ed è appena iniziata una nuova settimana.
Devo iniziare a considerare simulazioni più complesse portando in conto gli accoppiamenti multi-fisica che Comsol ha in libreria. Ad esempio è possibile correlare la dilatazione termica alla descrizione meccanica considerando entrambi i fenomeni all’interno del materiale. Quindi si correlano le deformazioni meccaniche con l’effetto termico andando a fare una composizione moltiplicativa dei gradienti di deformazione.
Quindi porta a simulazioni accoppiate che possono essere risolte, in Comsol, sia con un approccio fully coupled che staggered. Questo permette ad esempio di studiare l’effetto della temperatura sui materiale ma fornisce anche un grado di libertà extra per ogni elemento che può essere utilizzato per descrivere la deformazione (termica) volumetrica.
Ma non ci sono soltanto analisi FEM! Infatti, oggi andrò a vedere una partita di calcio, Svezia contro Slovenia, per la National League, che si svolgerà alla Friends Arena a Solna.
Trasloco
Venerdì 30 Settembre, oggi devo cambiare appartamento. Mi sposterò in un’altra area a Stoccolma, nota come Lidingo. È una grande isola sulla parte est e sembra veramente diversa da Kista. Il nuovo appartamento si trova a Larsberg, in Lidingo, ed è completamente pieno di zone verdi ed alberi. Sono al 6° piano e dalla finestra vedo una grande area verde e sullo sfondo anche il centro di Stoccolma. Inoltre, in meno di 10 minuti posso raggiungere la riva con un percorso immerso nella natura.
Vicino l’edifico dell’appartamento c’è un ICA, la più grande catena di supermercati di Stoccolma, e la fermata del tram. Posso arrivare a Ropsten in meno di 10 minuti con il tram che ne passa ogni 8, poi da lì posso muovermi per tutta Stoccolma con la metro e gli autobus. Adesso per raggiungere il mio ufficio al KTH ci metto solo 15 minuti da Ropsten. È tutto veramente ben connesso.
Ovviamente, tutto nasconde una sorpresa e infatti appena arrivato ci sono stati dei problemi. Nella cassetta per il check-in automatico non c’erano le chiavi dell’appartamento. Fortunatamente dopo aver contattato il gestore dell’appartamento è uscito fuori che le aveva la ditta di pulizia. Sono comunque rimasto fuori per più di 1 ora facendo su e giù dal 6 piano per provare diverse chiavi, con tutto di valigie.
Studio apartment
L’appartamento ha comunque dei problemi. Innanzitutto la porta principale non è ben isolata e passa molta aria. Questo è sicuramente collegato al sistema di ventilazione costituito per ogni appartamento da bocchetta di ingresso e uscita. Inoltre, manca la tenda alla doccia e probabilmente sarebbe utile anche uno scolapiatti.
Sarebbe stato sicuramente più facile uscire e comprare il tutto ma ho preferito sistemarlo da solo, almeno per l’isolamento della porta. Piuttosto che comprare una costosa guarnizione, che non avrei saputo nemmeno dove, ho preferito utilizzare il miglior strumento dell’ingegneria. Si, sto parlando proprio del nastro americano, il duct tape. Tutto può essere sistemato con quello e un po di fascette.
Fortunatamente c’è un’aspirapolvere che risulterà decisamente utile per le pulizie. Inoltre, il lavandino del bagno potrebbe essere un po troppo piccolo e non sono ancora sicuro di cosa lavarci, considerando che qui non hanno nemmeno il bidet.
Tuttavia questi problemi spariscono considerata la vista dalla finestra grande e luminosa presente nell’appartamento.
Stile di vita bilanciato
Per la prima volta nella mia vita ho visto un’asciugatrice a dimensione umana che permette di asciugare e stirare i vestiti. Si trova nella lavanderia del palazzo, condivisa tra tutti gli appartamenti. Ciascuno, tramite una chiave magnetica, può prenotare uno slot di 3 ore scegliendo tra quattro gruppi di macchine, asciugatrici e lavatrici, divise in due stanze. Il sistema di prenotazione è automatico e permette anche di modificare le prenotazioni e aprire le porte per accedere alle lavanderie. Le macchine sono fantastiche e funzionano veramente bene. Grazie alle lavatrici sovradimensionate e alle maxi asciugatrici è possibile asciugare 8-10 kg di vestiti in meno di 30 minuti. Inoltre, la maggior parte dei vestiti non devono nemmeno essere stirati ma escono perfettamente privi di pieghe.
Inoltre, c’è anche una palestra sotto l’edifico e penso che mi segnerò. Vorrei provare ad andare la mattina, tra le 6 e le 8, nei giorni lavorativi. Spoiler, ci sono riuscito per tutto Ottobre aggiungendo anche una corsa nel weekend. Mi ha dato motivazione ed energia per la giornata e per focalizzarmi sul lavoro da fare per la tesi.
Settimana 5
Lunedì 3 Ottobre, finalmente ho ricevuto i file completi delle CTA di tutti i pazienti. Adesso posso iniziare a lavorare con le mesh e le prime analisi meccaniche. Il primo step sarà comparare i risultati considerando i tessuti omogenei o in-omogenei. Non dovrebbe essere difficile seppur richiederà un po di tempo per trovare i parametri ottimi.
Oggi, 7 Ottobre, andrò a vedere per la prima volta una partita di hockey. La squadra locale, Djurgårdenm affronterà il Södertälje Sportklubb. È la prima volta che vedo una partita di hockey sul ghiaccio ma ho studiato un po le regola e sembra molto interessante.
In questa settimana ho anche preso il traghetto. Dal mio appartamento posso raggiungere in 5 minuti Dalenum, da cui parte il traghetto che in meno di 40 minuti porta al centro città, a Nybroplan. Il traghetto fa 5 o 6 fermate ma esiste anche una linea espressa che arriva direttamente al centro in meno tempo. Il traghetto fa parte del sistema di trasporto pubblico di Stoccolma e funziona davvero bene, una bella imbarcazione con sistema di riscaldamento e posti sia interni che esterni. Io ho preso l’imbarcazione di nome Maria sulla linea 80.
Settimana 6
È il 12 Ottobre e oggi la mia ragazza torna a Stoccolma. Inoltre, a mezzanotte sarà il suo compleanno.
Questa volta abbiamo visitato posti con più natura. Una bella camminate intorno al lago più grande di Lidingo e sulla costa dell’isola. Inoltre, abbiamo visitato diversi posti nel centro città e fatto un po di shopping. Tuttavia, sta cominciando a fare freddo anche se durante il giorno il sole ancora scalda. Abbiamo anche scoperto Max, una catena di fast food Svedesi, e Keane Brewing, una birreria artigianale a pochi passi dall’appartamento. Ecco, questo sembra piuttosto interessante.
Settimana 7
Si torna al lavoro. Settimana nuova ma le simulazioni e i problemi sono ancora gli stessi. Tuttavia adesso ho la mia workstation portatile che la mia ragazza mi ha portato dall’Italia.
Attenzione! I prossimi paragrafi contengono un discorso nerd.
Costo computazionale
Ridurre il costo di calcolo significa poter fare più simulazioni e riuscire a sviluppare una formulazione migliore. Ma non è solo nell’essere più veloci, adesso devo risolvere il problema dell‘out of core in Comsol. Durante le simulazioni il solutore deve tenere in memoria i dati (di fatto la matrice del sistema) e cerca di farlo nella RAM. Se questa non basta allora inizierà a scrivere sulla memoria di massa. Il problema è che la memoria di massa è molto più lenta anche se l’SSD NVME presente nella workstation potrebbe aiutare.
Il modello attualmente considera circa 3-400 mila elementi che corrispondendo a circa 1.5 milioni di gradi di libertà. Tuttavia, aggiungendo l’accoppiamento e delle variabili ausiliarie si arriva subito a 30-40 milioni. Comsol inoltre suggerisce di considerare circa 1 GB di RAM per milione di grado di libertà e quindi avrai bisogno di 64 GB, considerando che non ci sono vie di mezzo tra 32 e 64 GB. Devo quindi trovare un modo per rientrare nei 32 GB presenti nella workstation.
Sto continuando ogni giorno con simulazioni e molta ricerca in letteratura. Nel frattempo, sono anche diventato un pro nel cucinare, stirare e lavare casa. Ho dedicato diversi giorni per pulire e sistemare l’appartamento. Cucino ogni giorno dopo il lavoro, sia per la cena che il pranzo del giorno dopo. Mi piace mangiare salutare e attualmente seguo un regime alimentare piuttosto blando seguendo solamente alcune regole generali per i macro nutrienti e nessuna conta calorica.
PhD
È venerdì e oggi andrò a vedere la difesa del dottorato di Andrew Buckler. È il presidente di Elucid e collaboratore del paper da cui partirò per il mio lavoro di tesi. Ha appena finito il suo PhD al Karolinska Institute nel dipartimento di chirurgia vascolare. La sua tesi è un lavoro veramente interessante che va nella direzione di migliorare sia la terapia delle malattie vascolari sia il follow-up dei pazienti.
Parte dalla premessa di fornire analisi della biologia delle placche aterosclerotiche con metodi di imaging non invasivi fino a presentare una stratificazione del rischio e determinate statisticamente il contributo di diverse vie indotte dai farmaci. Non sono interessato alla parte di trascrittomica di cui non conosco molto ma sicuramente la parte biomeccanica sembra molto incoraggiante.
Settimana 8
Sto ampliando sempre più la conoscenza delle funzioni nascoste di Comsol andando a sostituire parametri, che generalmente sono constanti, con funzioni scritte ad hoc. Ogni giorno sembra quasi di fare colazione con biscotti e documentazione di Comsol.
Weekend, 30 Ottobre, oggi insieme a Joey andrò a fare una passeggiata in un posto che mai mi sarei aspettato di vedere a Stoccolma. Un quartiere con diverse costruzioni abbandonante completamente coperte di graffiti e anche con writer in azione. Si trova nella parte sud di Stoccolma, in Rågsved, facilmente raggiungibile con la metro.
In queste settimane, ho iniziato anche a familiarizzare con il cibo locale, soprattutto il purè. Molto comodo da cucinare, pratico e veloce, ma c’è da dire che non tutte le cene vanno come pianificato.
È passato un altro mese ma delle prossime settimane ne parleremo negli articoli seguenti.
